ຜະລິດຕະພັນ

ການວິເຄາະເຫດການ phosphorylation proteome-wide ຍັງເປັນສິ່ງທ້າທາຍໃນການວິເຄາະອັນໃຫຍ່ຫຼວງເນື່ອງຈາກຄວາມສັບສົນອັນໃຫຍ່ຫຼວງຂອງເຄືອຂ່າຍ phosphorylation ທາດໂປຼຕີນ.ໃນວຽກງານນີ້, ພວກເຮົາປະເມີນຄວາມສົມບູນຂອງ Lys-N, Lys-C, ແລະ trypsin ກ່ຽວກັບຄວາມສາມາດໃນການປະກອບສ່ວນໃນການວິເຄາະທົ່ວໂລກຂອງ phosphoproteome.ລຸ້ນທີ່ຫລອມໂລຫະຂອງການແລກປ່ຽນ cation ທີ່ເຂັ້ມແຂງ pH ຕໍ່າໄດ້ຖືກນໍາໃຊ້ເພື່ອແຍກ N-terminally acetylated, phosphorylated, ແລະ peptides ທີ່ບໍ່ຖືກແກ້ໄຂຢ່າງມີປະສິດທິພາບ.ຈໍານວນ 5036 phosphopeptides ທີ່ບໍ່ຊ້ໍາກັນສາມາດຖືກກໍານົດດ້ວຍອັດຕາການຄົ້ນພົບທີ່ບໍ່ຖືກຕ້ອງຂອງ <1% ຈາກ 1 ມລກຂອງທາດໂປຼຕີນໂດຍໃຊ້ການປະສົມປະສານຂອງສາມເອນໄຊ.ຂໍ້ມູນຂອງພວກເຮົາໄດ້ເປີດເຜີຍວ່າການທັບຊ້ອນກັນລະຫວ່າງຊຸດຂໍ້ມູນ phosphopeptide ທີ່ສ້າງຂຶ້ນດ້ວຍທາດໂປຼຕີນທີ່ແຕກຕ່າງກັນແມ່ນຢູ່ຂອບ, ໃນຂະນະທີ່ການທັບຊ້ອນກັນລະຫວ່າງຊຸດຂໍ້ມູນ tryptic ທີ່ສ້າງຂຶ້ນທີ່ຄ້າຍຄືກັນສອງຊຸດແມ່ນພົບວ່າສູງກວ່າຢ່າງໜ້ອຍ 4 ເທົ່າ.ດ້ວຍວິທີນີ້, ການນໍາໃຊ້ແບບຂະຫນານຂອງ Lys-N ແລະ trypsin ເຮັດໃຫ້ຈໍານວນ phosphopeptides ທີ່ກວດພົບເພີ່ມຂຶ້ນ 72% ເມື່ອປຽບທຽບ d ກັບ trypsin ຢ່າງດຽວ, ໃນຂະນະທີ່ການທົດລອງທົດລອງ trypsin ເພີ່ມຂຶ້ນພຽງແຕ່ 25%.ດັ່ງນັ້ນ, ໃນເວລາທີ່ສຸມໃສ່ພຽງແຕ່ຂໍ້ມູນ trypsin ແລະ Lys-N, ພວກເຮົາໄດ້ກໍານົດ 4671 phosphopeptides ທີ່ບໍ່ຊ້ໍາກັນ.ການວິເຄາະເພີ່ມເຕີມຂອງສະຖານທີ່ທີ່ກວດພົບໄດ້ສະແດງໃຫ້ເຫັນວ່າຊຸດຂໍ້ມູນ Lys-N ແລະ trypsin ໄດ້ຖືກປັບປຸງໃນ motifs phosphorylation ທີ່ແຕກຕ່າງກັນຢ່າງຫຼວງຫຼາຍ, ຫຼັກຖານຕື່ມອີກວ່າວິທີການ multiprotease ແມ່ນມີຄຸນຄ່າຫຼາຍໃນການວິເຄາະ phosphoproteome.